O TSV Bayer 04 Leverkusen e.V foi criado após uma iniciativa de trabalhadores alemães, que pediram ao seu chefe para criar um clube esportivo com o intuito de ajudar financeiramente o lugar para o qual trabalhavam. A idéia foi aceita e o então presidente da empresa, Friedrich Bayer, em 1904, resolveu criar a agremiação.
A companhia fundadora foi a Bayer Company, hoje umas das mais importantes do mundo no setor de medicamentos. O time de futebol ganhou forma apenas em 1907, mas foi em 1928 que a entidade se desligou do antigo centro esportivo e fundou o clube Sportvereinigung Bayer 04 Leverkusen, que englobava futebol, handebol e atletismo, excluindo os ginastas, já que na época havia uma rixa entre eles e os praticantes de outros esportes.
Os jogadores mantiveram as cores tradicionais do time, o vermelho e preto, e os ginastas adotaram o azul e amarelo. Em 1936, a entidade já disputava a segunda divisão doCampeonato Alemão e, neste mesmo ano, a empresa que fundou o clube trocava de mãos, não pertencendo mais à família Bayer.
Em 1951, o Bayer Leverkusen ascendeu à primeira divisão de futebol da Alemanha, disputando a Oberliga ocidental até a temporada de 1956, quando foi rebaixado para segunda divisão.
Até a criação da Bundesliga – como é chamado o Campeonato Alemão -, na temporada 1962/63, o clube não havia conseguido retornar à elite do futebol alemão. Em 1968, o Bayer ganhou o título da segunda divisão, mas foi eliminado nos playoffs de aceso à elite. Em 1973, o time foi novamente rebaixado, mas desta vez para a terceira divisão, retornando no ano seguinte para a segunda divisão.
O time disputou pela primeira vez o Campeonato Alemão apenas na temporada 1979/80 e, na metade dos anos 1980, conseguiu estabilizar-se na elite do futebol profissional alemão. O primeiro título do clube veio em 1988, quando o time conquistou a Copa da UEFA, após vencer o Espanyol nos pênaltis por 3 a 2, depois de dois resultados por 3 a 0 – um para cada time.
No mesmo ano, o executivo Reiner Calmund assumiu a gerência da equipe e não hesitou em contratar jogadores renomados da Alemanha Ocidental, como Ulf Kirsten, Andreas Thom e Jens Melzig, que se tornaram ídolos da torcida. O mandatário do clube também investiu na contratação de atletas brasileiros, como Jorginho e Paulo Sérgio. Foram contratados também símbolos do clube como Bernd Schuster e Rudi Völler, que ajudaram o time a aumentar sua reputação no país e no cenário internacional, ganhando com isso mais torcedores.
Na temporada 1993/94, o Bayer ganhou seu segundo e último título, a Copa da Alemanha, após vencer por 1 a 0 o Hertha Berlim. Nos anos seguintes o clube viveu uma de suas piores fases ao ser rebaixado novamente em 1996. Quando o técnico Christoph Daum assumiu o comando da equipe, o clube voltou à primeira divisão da Bundesliga e contratou jovens revelações do futebol como os brasileiros Lúcio, Emerson, Zé Roberto e Juan e o alemão Michael Ballack. Depois desse período negro da história do Bayern, o time voltou a jogar um bom futebol, chegando ao vice-campeonato alemão em quatro ocasiões (1997/98, 1999/00, 2000/01 e 2002/03) e a final da Liga dos Campeões da UEFA de 2002, quando perdeu para os espanhóis do Real Madrid por 2 a 1.
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